附录 A · 名词速查
解释初学者最容易卡住的数据库、阈值和文件名概念。
- OB / DL 是常见成分筛选指标
- Gene Symbol 是后续交集和富集常用的基因名格式
- SMILES 是靶点预测常用的结构信息
学习专栏
面向初学者的网络药理学 12 步操作路线：从选题、成分与靶点整理，到网络、富集、可选对接和结果归档。
九步总览
步骤 1选题与靶点发现
选题与复方、疾病确定
先把研究对象说清楚：你要分析哪一个复方、里面有哪些中药、准备对应哪一种疾病或症状。
外部平台怎么做
- 把复方拆成一味一味的中药，确认中文名、英文名或拼音写法
- 为目标疾病准备常用中文名、英文病名和缩写
- 记录你最终采用的药味清单和疾病关键词
- 先固定输入，再进入成分和靶点筛选
利剑平台接住什么
模块 1 负责保存你的复方输入，让后面的筛选、导出和结果整理都有同一个起点。
交付物
复方名称、每味中药名称、目标疾病关键词和检索记录。
怎么判断做对了
- 每味药都是单独一行，没有把复方名当成单味药
- 疾病关键词已经固定，不在分析中途随意更换
- 后续导出的结果能追溯回这份起始清单
容易错在哪里
一开始药味或疾病关键词写错，后面所有结果都会跟着偏。
步骤 1 外部平台操作截图占位
步骤 1 利剑平台入口截图占位
步骤 2选题与靶点发现
TCMSP 活性成分筛选（OB、DL）
在 TCMSP 或同类数据库中筛出候选活性成分，得到后续靶点预测和网络分析需要的成分表。
外部平台怎么做
- 进入数据库后按药材名检索，确认进入的是正确药材页面
- 按课程或导师要求设置 OB、DL 等筛选条件
- 只保留通过筛选、并且后续能继续查靶点或结构信息的成分
- 每味药分别保存结果，再合并去重
利剑平台接住什么
模块 1 帮你按阈值和药味整理成分表，并保留后续导出需要的字段。
交付物
每味药的活性成分表，以及合并后的复方成分清单。
怎么判断做对了
- 每味药都筛过，没有漏掉药味
- 导出表保留成分名、结构信息、筛选指标和来源药味
- 合并后已经去重，同一个成分不会重复计算
容易错在哪里
不要把数据库搜到的所有成分都当成活性成分；筛选条件不同，结果数量也会不同。
步骤 2 外部平台操作截图占位
步骤 2 利剑平台入口截图占位
步骤 3选题与靶点发现练习数据需外部核验
药物靶点预测与整理
把成分转换成可能作用的人类靶点基因，为后面的疾病交集做准备。
论文结果请用外部正式平台核验
本步骤在平台内提供练习路径，适合熟悉流程；正式写作请保留外部平台导出的结果和参数。
外部平台怎么做
- 为成分准备 SMILES 或其他可用于预测的结构信息
- 在外部平台选择人类物种后提交预测
- 下载预测结果，并整理成 Gene Symbol 列表
- 把多个来源的靶点合并去重，保留来源记录
利剑平台接住什么
模块 3 接收药物侧靶点列表，帮助你合并、去重并进入交集分析。
交付物
药物侧 Gene Symbol 列表，以及每个靶点的来源说明。
怎么判断做对了
- 靶点使用 Gene Symbol，而不是混入蛋白 ID 或描述文本
- 已去重，并能区分不同来源
- 失败或缺失的成分已单独记录
容易错在哪里
结构信息错误、物种选错或 Symbol 格式混乱，都会导致后续交集异常。
步骤 3 外部平台操作截图占位
步骤 3 利剑平台入口截图占位
步骤 4选题与靶点发现
疾病靶点检索与导入
从疾病数据库或公开资料中整理疾病相关基因，形成疾病侧靶点列表。
外部平台怎么做
- 先确认疾病的中文名、英文名和常见同义词，优先用英文关键词检索
- 前往 GeneCards 搜索疾病关键词，查看结果中与疾病相关的 Gene Symbol
- 导出或复制 Gene Symbol 与 Relevance Score 等字段，保存为 CSV 或表格
- 记录数据库名称、检索词、检索日期和筛选条件
- 多个数据库结果合并时先统一 Symbol 格式
利剑平台接住什么
模块 3 支持粘贴或上传 GeneCards 结果，并帮助你检查来源和重复项。
交付物
疾病侧 Gene Symbol 列表，以及对应的数据来源记录。
怎么判断做对了
- 疾病关键词和数据库来源已记录
- 基因名格式统一为 Gene Symbol
- 练习数据和正式导入数据已分开
容易错在哪里
只用一个模糊关键词，或把预设练习基因当成正式疾病全量结果，都会让后续解释变弱。
步骤 4 外部平台操作截图占位
步骤 4 利剑平台入口截图占位
步骤 5选题与靶点发现
药物与疾病靶点取交集
比较药物侧靶点和疾病侧靶点，找出两边共有的候选基因。
外部平台怎么做
- 准备药物侧 Gene Symbol 列表
- 准备疾病侧 Gene Symbol 列表
- 在 Venny 或模块 3 中生成交集
- 导出交集基因，作为下游网络和富集分析输入
外部平台
利剑平台接住什么
模块 3 会展示交集区域，并提供基因列表和图形导出。
交付物
药物与疾病共有的候选 Gene Symbol 列表。
怎么判断做对了
- 两个列表都已经去重
- 交集基因可以一行一个导出
- 筛选阈值和输入列表已经保存
容易错在哪里
空格、重复、大小写混乱和不同 ID 类型会让交集不稳定。
步骤 5 外部平台操作截图占位
步骤 5 利剑平台入口截图占位
步骤 6网络构建与 Hub
Cytoscape 网络构建
把药材、成分和靶点整理成网络，让用户能看见复方分析的关系结构。
外部平台怎么做
- 下载或准备网络边表和节点类型表
- 在 Cytoscape 中导入网络文件
- 按节点类型设置颜色和样式
- 检查节点、边和标签是否能看清
外部平台
利剑平台接住什么
下游分析页可以导出 Cytoscape 需要的表格包，减少手工改列名和整理格式的工作。
交付物
可导入 Cytoscape 的网络文件包和一张可继续美化的关系网络。
怎么判断做对了
- 节点类型能区分药材、成分和靶点
- 导入后网络不是空白
- 导出的文件可以重新打开复查
容易错在哪里
网络文件列名、节点类型或编码错误，会导致导入后样式混乱。
步骤 6 外部平台操作截图占位
步骤 6 利剑平台入口截图占位
步骤 7网络构建与 Hub练习数据需外部核验
STRING 蛋白互作网络练习
理解交集基因之间可能存在的蛋白互作关系，并学会区分练习网络和外部正式结果。
论文结果请用外部正式平台核验
本步骤在平台内提供练习路径，适合熟悉流程；正式写作请保留外部平台导出的结果和参数。
外部平台怎么做
- 把交集 Gene Symbol 粘贴到 STRING
- 选择人类物种
- 根据课程或导师要求设置置信度
- 导出网络或边表，供后续 Cytoscape 分析
外部平台
利剑平台接住什么
平台内 PPI 区用于熟悉流程；正式材料请保留外部平台导出的结果。
交付物
PPI 网络文件、边表或练习网络截图。
怎么判断做对了
- 输入基因能被 STRING 正确识别
- 物种选择正确
- 练习数据和外部正式结果已分开保存
容易错在哪里
不要把练习网络当成外部正式分析结果。
步骤 7 外部平台操作截图占位
步骤 7 利剑平台入口截图占位
步骤 8网络构建与 Hub
Hub 基因筛选
在网络基础上学习如何用拓扑指标筛选更值得关注的核心节点。
外部平台怎么做
- 在 Cytoscape 或平台内查看网络节点指标
- 按 Degree 等指标排序
- 选择一组候选 Hub 基因
- 记录筛选指标和阈值，避免只保留结果不保留方法
外部平台
利剑平台接住什么
下游分析页提供 Hub 基因练习视图，帮助理解拓扑筛选的含义。
交付物
Hub 基因候选列表和筛选依据。
怎么判断做对了
- 知道筛选来自哪一张网络
- 保留了排序指标和阈值
- 结果可回到原网络中定位
容易错在哪里
不要把成分网络的度值和 PPI 网络的度值混在一起解释。
步骤 8 外部平台操作截图占位
步骤 8 利剑平台入口截图占位
步骤 9通路与富集
GO / KEGG 富集分析
把交集基因放进富集分析工具，了解这些基因可能参与的功能和通路。
外部平台怎么做
- 准备交集 Gene Symbol 列表
- 上传到 Metascape 或使用课程指定的富集工具
- 检查识别成功和失败的基因
- 导出结果表和图形
外部平台
利剑平台接住什么
下游分析页可以整理交集基因和富集结果，便于后续说明方法和导出结果。
交付物
富集结果表、气泡图或条形图，以及无法识别的基因记录。
怎么判断做对了
- 输入基因是正确的 Gene Symbol
- 保存了富集参数和导出文件
- 知道哪些基因没有被工具识别
容易错在哪里
输入 ID 类型错误时，富集结果会明显变少或无法解释。
步骤 9 外部平台操作截图占位
步骤 9 利剑平台入口截图占位
步骤 10延伸与成果整理练习数据需外部核验
分子对接材料准备
了解分子对接需要哪些输入材料，为后续外部软件操作做准备。
论文结果请用外部正式平台核验
本步骤在平台内提供练习路径，适合熟悉流程；正式写作请保留外部平台导出的结果和参数。
利剑平台接住什么
平台目前提供对接延伸阅读和工具入口，实际计算需要外部软件完成。
交付物
受体结构、配体结构和候选配对表。
怎么判断做对了
- 每个结构都有来源
- 配体和受体命名清楚
- 记录了准备过程中做过的处理
容易错在哪里
结构文件不是下载完就能直接用，通常还需要去水、加氢、格式转换等处理。
步骤 10 外部平台操作截图占位
步骤 10 利剑平台入口截图占位
步骤 11延伸与成果整理练习数据需外部核验
运行 AutoDock Vina 与可视化
用外部对接工具计算结合能，并用可视化软件检查结合模式。
论文结果请用外部正式平台核验
本步骤在平台内提供练习路径，适合熟悉流程；正式写作请保留外部平台导出的结果和参数。
外部平台怎么做
- 把受体和配体转换为对接工具需要的格式
- 设置口袋中心和盒子大小
- 运行计算并导出结果
- 选择代表性构象做可视化截图
外部平台
PyMOLAutoDock Vina · AutoDock Tools
利剑平台接住什么
完成外部计算后，可回到平台记录结果文件和说明。
交付物
结合能表、对接构象图和候选复合物截图。
怎么判断做对了
- 每次运行的参数已经保存
- 结果能对应到具体成分和靶点
- 截图能看清关键相互作用位置
容易错在哪里
结合能只是线索，不能替代实验验证；参数和口袋范围要能说明。
步骤 11 外部平台操作截图占位
步骤 11 利剑平台入口截图占位
步骤 12延伸与成果整理
结果整理与方法记录
把每一步的输入、参数、导出文件和结果说明整理成一个可回看的项目包。
外部平台怎么做
- 按步骤整理输入文件、输出文件和截图
- 记录每一步使用的平台、版本、阈值和参数
- 把练习数据、外部正式结果和补充材料分开存放
- 为后续写 Methods / Results 留下可追溯依据
利剑平台接住什么
导出中心用于整理结果包，帮助你把分析过程从零散文件变成可交接材料。
交付物
结果包、方法参数摘要、文件清单和待补充事项。
怎么判断做对了
- 每个结果文件都能找到对应输入
- 关键阈值和平台来源已记录
- 练习材料和正式材料没有混放
容易错在哪里
只保存最终截图，不保存输入和参数，后面很难解释结果来自哪里。
步骤 12 外部平台操作截图占位
步骤 12 利剑平台入口截图占位
附录与核对清单
附录 B · 练习数据 vs 正式结果
区分平台内练习路径、外部正式结果和待补充材料。
- 练习网络只用于熟悉流程
- 正式材料需保留外部平台导出
- 输入、阈值和参数要随结果一起保存
附录 C · Cytoscape 补图清单
为后续补截图预留固定位置，避免补图后布局跳动。
- 导入网络表
- 按节点类型着色
- 运行 Network Analyzer
- 导出高清网络图
附录 D · 常见错误
集中解释列表格式、ID 混用和练习数据误用。
- 基因 Symbol 一行一个
- 不要混用蛋白 ID 和 Gene Symbol
- 练习材料和正式材料分开保存
附录 E · 新旧平台关系
说明新版外部平台与传统工具链的关系，避免把平台升级误解为学习路径必须重做。
- 学习传统流程有助于理解每一步输入输出
- 新版平台导出的结果也需要记录版本、参数和来源
- 本专栏优先服务想低成本快速掌握流程的研究生个人
- 未来拿到外部平台导出样例后，可作为外部结果导入、格式清洗和核对